PEAT héberge du matériel biologique spécifique, sous la forme de lignées, qui ont été sélectionnées par les scientifiques et sont entretenues à PEAT : 15 lignées Gallus et un troupeau de « réserves génétiques » (voir ci-dessous) et 6 lignées cailles et un troupeau de « réserves génétiques ». Ces lignées ont été obtenues par sélection divergente sur des caractères très variés portant sur des critères de production (vitesse de croissance, engraissement, efficacité digestive…), de qualité des produits (aptitude technologique de la viande), de santé (sensibilité/résistance au portage sain de salmonelles, réponses immunitaires), de comportements (émotivité, sociabilité…) pour des productions de type chair ou de type ponte. Des lignées porteuses de plusieurs gènes à effets visibles chez des Gallus et cailles (les gènes sont maintenus en ségrégation) sont également conservées au sein de l’unité (troupeaux de réserves génétiques) telles que : coloration / aspect du plumage, couleur des œufs, fréquence des œufs à double jaune, etc. L’unité est également le site national d’échantillonnage aviaire pour la cryobanque nationale des animaux domestiques (CRB-Anim).
Le renouvellement des lignées inclut trois étapes :
- L’éclosion puis l’élevage en poussinières des jeunes animaux jusqu’à 18 semaines) ;
- Le passage en bâtiment adulte juste avant l’entrée en ponte à 18 semaines.
- La reproduction selon un plan d’accouplement visant à gérer la diversité génétique.
Un suivi sanitaire spécifique (alimentation, plan de prophylaxie) est assuré pour ces animaux du fait de leur valeur de modèle animal ou de l’intérêt de leurs caractéristiques propres.
Sélection sur la motivation au regroupement social
Objectifs / Critères de divergences
Sélection sur la motivation au regroupement social
Disposer d’animaux extrêmes pour l’étude des comportements et des réponses physiologique aux modifications de l’environnement.
Rechercher les parties du génome associées aux caractéristiques comportementales divergentes
Dispositif expérimental
Mise en œuvre : 1980 - HSR, High Social Reinstatement behaviour ou S+ (90 cailleteaux ; 44 adultes) - CSR, Control Social Reinstatement behaviour ou ST(70 cailleteaux ; 29 adultes) - LSR, Low Social Reinstatement behaviour ou S-(100 cailleteaux ; 44 adultes)
Décrire et comprendre la variation génétique (gènes de coloration, caractères quantitatifs, marqueurs moléculaires)
Valoriser la caille comme modèle expérimental en recherche biomédicale (glaucome, diabète insipide)
Etude de l’hérédité et des interactions de divers gènes majeurs de coloration et de plumage.
Bases moléculaires, homologies. Constitution et analyse de familles.
Dispositif expérimental
TRG : Troupeau de Réserve de Gènes / réserve de gènes pour l'espèce caille définis par le gène majeur porté par les animaux de chaque groupe constitué : Une lignée de coloration du plumage : Rusty (50 cailleteaux ; 20 adultes) Deux lignées de coloration de la coquille : White egg, Celadon egg (100 cailleteaux ; 40 adultes) Une lignée structure du plumage : Curly (50 cailleteaux ; 20 adultes)
Gestion pedigree en sous-groupe de génotypes hétérozygotes/homozygotes 5 groupes (18 mutations)
Constitution des sous-groupes selon le type de fonction touchée : Coloration (plumes, peau, coquille), Structure/répartition du plumage, Appendices (crête et barbillons), Squelette (nanisme, polydactylie), Ou selon la position chromosomique de la mutation
Lignées fermées
Lignée Fayoumi : lignée importée d'Egypte caractérisée pour son aptitude à la résistance aux maladies et à la coccidiose en particulier : croisement QTL avec Leghorn sensible
Lignée Double Jaune : lignée de pondeuse Leghorn dont la caractéristique génétique est de présenter des ovulations multiples
Cheptel 1 : fixé pour gènes S, P et dwB améliorant l'efficacité alimentaire de la pondeuse
Sélection divergente sur la consommation alimentaire résiduelle
Objectifs / Critères de divergences
Pondeuse, Rhode Island Red
Réduire l'ingestion et diminuer les rejets d'élevage à production constante.Valoriser par des croisements, pour l'aviculture des P.V.D. Différence d'ingestion à poids corporel égal et ponte égale.
Réponses corrélées étudiées : production de chaleur, composition corporelle, comportement alimentaire, fertilité
Dispositif expérimental
Deux lignées (R- et R+) : Environ 650 poussins mis en place pour 220 reproducteurs
Sélection divergente sur la vitesse de croissance (Lents/Rapides – FGL/SGL – Lourds/Légers – HGL/LGL)
Objectifs / Critères de divergences
Evaluer les conséquences de l'amélioration génétique de la vitesse de croissance
Conduire des études de génomique fonctionnelle et expressionnelle
Etudier la génétique et la physiologie de la courbe de croissance
Produire un modèle expérimental de la croissance
Dispositif expérimental
Lignée X33 sélectionnée pour un poids vif élevé à 8 et 36 semaines, soit au total par génération au minimum 220 poussins mis en élevage dont 69 utilisés en reproduction.
Expériences ponctuelles en fonction des besoins expérimentaux (entre 10 et 90 animaux par expérience, 0 à 2 fois par an).
Sélection divergente sur la digestibilité du blé de mauvaise qualité de variété Rialto (viscosité et dureté élevées)
Objectifs / Critères de divergences
Améliorer l'aptitude du poulet à digérer des régimes à base de blé et en comprendre les mécanismes physiologiques et comportementaux
Apprécier les conséquences d’une telle sélection sur les rejets (quantité et qualité)
Développer un modèle expérimental de la digestion
Dispositif expérimental
Lignée D+ sélectionnée sur une forte aptitude à digérer le blé et lignée D- sélectionnée sur une faible aptitude à digérer le blé soit au total 450 poussins mis en élevage par génération pour 122 reproducteurs retenus
Expériences ponctuelles en fonction des besoins expérimentaux (entre 10 et 90 animaux par expérience, 0 à 1 fois par an).
Réponse immunitaire et résistance aux maladies (mécanismes généraux)
Objectifs / Critères de divergences
Amélioration génétique de deux réponses immunitaires in vivo.
Création d'un matériel génétique original permettant la recherche de gènes impliqués dans les réponses immunitaires et l'étude de réponses associées sur la résistance aux maladies.
Identification de marqueurs génétiques de la résistance à la coccidiose dans un croisement expérimental F2 (Leghorn x Fayoumi),
Etude des mécanismes immunitaires impliqués dans la résistance à la coccidiose.
Dispositif expérimental
Leghorn / depuis 1993
Dispositif expérimental (deux lignées sélectionnées et une lignée témoin)
Environ 600 animaux jeunes testés pour conserver 230 reproducteurs
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